Punon était l'un des lieux où les Israélites ont campé durant leurs errances dans le désert. Les chercheurs l'identifient avec le Feinan moderne. Punon était construite le long de la route qui reliait Édom à travers le Néguev à l'Égypte. La ville disposait de nombreuses ressources en eau et en cuivre. Elle deviendra un centre important pour la fonte du cuivre (vers 2 000 av. J.‑C.). On y extrayait le cuivre à proximité ou on l'apportaient à Punon depuis d'autres lieux.
Les Israélites passeront par Punon en route vers la Transjordanie (la région à l'est du Jourdain, Nb 33.42–43). À cette époque, l'activité industrielle de la ville était à son plus bas. De grands tas de scories (déchets provenant de la fonte du métal) peuvent encore être trouvés dans la région aujourd'hui.
Les preuves archéologiques indiquent que Punon était une grande colonie à l'époque des patriarches (âge du bronze moyen). Après environ 500 ans sans habitants, on reviendra habiter la ville vers 1300 av. J.‑C. Les opérations de minage et de fusion du cuivre continueront jusqu'en 700 av. J.‑C. Ces activités reprendront à l'époque des Nabatéens.
Eusèbe, un historien de l'Église primitive, rapporte que les chrétiens travaillaient dans les mines de Punon aux côtés des criminels. Pendant la période byzantine, les chrétiens construiront une église (basilique) et un monastère à cet endroit. Les chercheurs trouveront une inscription avec le nom de l'évêque Théodore (vers 587 apr. J.‑C.) dans les ruines du monastère.