Ékron est la ville la plus septentrionale parmi les principales colonies philistines. Lors de la conquête hébraïque de la Palestine, Ékron ne sera pas prise par Josué (Jos 13.3). Lorsque le pays sera divisé entre les douze tribus, Ékron sera d'abord attribuée à Juda, puis à Dan (15.11, 45–46 ; 19.43). Elle sera finalement prise par Juda (Jg 1.18), mais elle retombera ensuite aux mains des Philistins.
Ékron jouera un rôle important dans l'histoire de la capture de l'arche de l'alliance. Après que l'arche ait apporté le désastre à Asdod et Gath, elle sera emmenée à Ékron (1S 5.1–10). Les Ékronites ne voulaient pas de l'arche, et ils consulteront donc les « seigneurs des Philistins » et proposeront que l'arche soit renvoyée en Israël (v. 11).
Après le triomphe de David sur Goliath, les Israélites poursuivront les Philistins jusqu'aux portes d'Ékron, qui, à cette époque, était apparemment la ville fortifiée la plus proche où les fugitifs pouvaient se réfugier (1S 17.52).
Ékron était apparemment le centre du culte du dieu Baal-Zebub. Quand Achazia se blessera et tombera malade, il préférera consulter Baal-Zebub plutôt que Dieu. Élie sera envoyé par Dieu pour dénoncer Achazia et lui annoncera sa mort (2R 1.2–18). Le culte de Baal conaissait sans doute une recrudescence en Israël à cette époque. Ékron est inclus dans les dénonciations de plusieurs prophètes : Jérémie (25.20), Amos (1.8), Sophonie (2.4), et Zacharie (9.5–7).
Les archives assyriennes nous informent qu'Ékron s'est révolté contre Sanchérib en 701 av. J.‑C. Les rebelles ont déposé Padi, le dirigeant d'Ékron, qui était loyal à l'Assyrie, et le remettront à Ézéchias à Jérusalem pour l'emprisonner. Sanchérib marchera contre Ékron, et Ékron demandera de l'aide au roi de Mutsri (s'agissant soit de l'Égypte, soit d'un district du nord-ouest de l'Arabie). Sanchérib lèvera son siège d'Ékron suffisamment longtemps pour vaincre l'armée de Mutsri, pour ensuite retourner prendre Ékron. Il exécutera les rebelles, fera captifs leurs partisans, forcera Ézéchias à libérer Padi, et rétablira Padi comme dirigeant de la ville. Padi recevra également un territoire pris à Juda. Le successeur de Padi, Ikausu, ne connaîtra pas la même fortune. Lui, ainsi que Manassé de Juda, sera contraint de payer un lourd tribut à la fois à Esarhaddon et à Assurbanipal.
En 147 av. J.‑C., le roi de Syrie, Alexandre Épiphane, donnera Ékron à Jonathan Maccabée en récompense de sa loyauté (1 M 10.89). Au 4e siècle apr. J.‑C., elle comptait encore une grande population juive.
Voir aussi Philistie, Philistins.