Ville portuaire qui répondait aux besoins maritimes de la grande ville de Corinthe, à environ 13 km à l'ouest. Cenchrées est connue dès le 5e siècle av. J.‑C. en lien avec une attaque athénienne sur Corinthe. Avant que le canal de Corinthe ne soit creusé à travers l'isthme, le trafic vers l'Europe depuis l'Asie passait souvent de Cenchrées à Corinthe jusqu'à Lechaion.
Les fouilles commencées en 1963 ont permis de localiser le môle du port (brise-lames), des vestiges d'entrepôts datant du début du 1er siècle, ainsi qu'un grand bâtiment en pierre du 2e siècle. Une église du 4e siècle témoigne de l'influence du christianisme dans la ville. Des portions de l'ancienne route menant au sud-est depuis la porte de Cenchrée à Corinthe peuvent encore être observées parmi les ruines de l'agora (marché) de cette ville.
Cenchrées est mentionné deux fois dans le Nouveau Testament. L'apôtre Paul y a fait un vœu nécessitant la coupe de ses cheveux avant de quitter la ville lors de son troisième voyage missionnaire (Ac 18.18). Dans sa lettre à l'Église de Rome, Paul recommandera Phœbé, une diaconesse de l'Église de Cenchrées, bien connue pour son service chrétien (Rm 16.1).